國會除了立法權、國會調查權、條約批准權、修憲提案權、審議財政預算權之外，還有兩項攸關相互制衡的權限，那就是針對司法機關的彈劾權，以及針對行政機關的不信任案。茲分述如下；
彈劾權：國會制衡司法機關之權限
彈劾（impeachment）是指公職人員具備不適任或應予剝奪其職務的理由時，得以民意為基礎或經由公權力裁判免除其職權及懲戒處分。
民選首長得由選民以投票方式罷免。一般公務員則由司法權另設公務員審判制度懲戒。但對於法官之彈劾，則必須更為慎重，由具備民意基礎的國會，組成彈劾法庭，慎重以對審方式裁判。
彈劾法庭由國會設置組成，包括起訴委員會及審判庭，都應屬於獨立於國會之外的機關。
林益世涉入索賄貪污案的一審判決，引發網路一片撻伐，咸認法官無視客觀證據，且未依法律審判，在民主憲政國家，即符合國會彈劾的要件
彈劾對象原則上包括：法官對職務懈怠，或違背客觀、中立、公平審判之憲法義務，例如，客觀上很明顯未依據法律、依據證據的審判，或者參與政治、社會活動。
或是，法官本身行為已達損害到司法尊嚴及國民對司法的信任，例如，酒後開車、進出不當場所等行為。
由於彈劾法庭兼具反映民意及審判兩種本質，其運作上必須求取兩者間之微妙平衡。
不信任案：國會制衡行政機關之權限
議會內閣制的國家，內閣（行政府）是建立在國會信任的基礎上，因此國會的「首相選出、任命權」及「不信任案提出權」，遂成為國會制衡內閣的重要權限，也是必須優先議決、處理的議案。
總統制國家，國會在總統發動否決權之後，須以3分之2特別多數的覆議，才能使總統的否決無效。此一特別多數的覆議權限，亦屬國會制衡總統的重要權限。
除此之外，總統對行政官員或最高法院法官的任命，亦須獲得國會的同意。(有關行政、立法制衡關係，另於行政機關部份詳論。)
